Forma-se então um novo grupo de digiescolhidos, e embora os mais velhos (em especial Izzy e Tai) deêm uma mãozinha de vez em quando, tem um papel definitivamente secundário na história.

O inimigo desta vez é o auto-proclamado Imperador Digimon, um rapaz que ambiciona escravizar e dominar os digimons com a ajuda das suas Torres Negras, que impedem os digimons de digievoluir. Com a descoberta dos digiovos, o problema soluciona-se, e então as Crianças começam a destruir as Torres, uma após outra.

Depois de derrotarem o Imperador - que na verdade se chama Ken Ichijouji- descobrem que este é nada mais nada menos do que uma Criança Escolhida e então ele torna-se um membro do grupo. Eles continuam a luta contra o mal, e com a ajuda das Crianças Escolhidas um pouco por todo o mundo, vencem o inimigo. A partir de então, todas as pessoas recebem um parceiro digimon e o Mundo Digital fica aberto a todos.

Vinte e cinco anos depois, podemos ver todas as Crianças adultas com os seus filhos, a quem cabe continuar a missão dos pais.